生物信息学是在数学、计算机科学和生命科学的基础上形成的一门新型交叉学科；是指为理解各种数据的生物学意义，运用数学、计算机科学与生物学手段进行生物信息的收集、加工、存储、传播、分析与解析的科学。近年来随着快速序列测定、基因重组、基因芯片、多维核磁共振等技术的应用，生物学实验数据呈爆炸趋势增长，同时计算机和国际互联网络的发展使对大规模数据的贮存、处理和传输成为可能。作为一门新的学科领域，它是将基因组DNA序列信息分析作为源头，在获得了蛋白质编码区的信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测，然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计。大量多样化的生物学数据资源中必然蕴涵着大量重要的生物学规律，这些规律是我们解决许多生命之谜的关键所在；然而继续沿用传统手段以人脑来分析如此庞杂的数据实在是太勉为其难了！随着实验数据的急剧膨胀迫使我们不得不寻求一些新的强有力的工具去利用它们！本文以研究蛋白质的POU Domain结构特点为例；简要阐述了数学方法和思想,以及计算机和国际互联网资源在生物信息科学中所发挥的重要作用......

一、数学在生物信息学中应用的背景
（一）、数学应用于生物信息学的原因
（二）、与生物信息学关系密切的数学分支
二、研究POU Domain所用到的方法和思想
（一）、记分矩阵
（二）、空位罚分
（三）、POU Domain编码的多序列比对
（四）、二级结构已知的POU Domain的helix编码和二级结构未知的POU Domain编码的多序列比对
三、对于POU Domain进行比对时所用到的软件和算法
（一）、序列两两比对
1、 Needleman-Wunsch算法
2、 Smith-Waterman算法
（二）、多序列比对及其所用软件
四、结论
五、附录
六、参考文献
七、致谢

[1]Bioinformatics（生物信息学杂志)，http://bioinformatics.oupjournals.org/
[2]Expasy（蛋白质组专家系统)，http://cn.expasy.org/（中国镜像网站）
[3]NCBI（美国国家生物信息中心），http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
[4]EBI（欧洲生物信息研究所），http://www.ebi.ac.uk/
[5]CBI（北京大学生物信息中心），http://www.cbi.pku.edu.cn/
[6]Bioinformatics All（生物信息学专业网），http://bioinf.bmi.ac.cn/postnuke/
[7]CHGB（国家人类基因组北方研究中心），http://www.chgb.org.cn/
[8]BIO（生物网），http://www.bio.com
[9]张成岗，贺福初. 生物信息学方法与实践. 北京：科学出版社，2002.6
[10]王镜岩，朱圣庚，徐长法. 生物化学. 第三版. 高等教育出版社，2002.9